中草药的种类很多，根据近年的初步统计，总数约在八千种左右，常用中草药亦有700种左右。如此繁多的种类必须按照一定的系统，分门别类，才便于学习、研究和应用。药物分类的方法是根据人们对于药物认识的逐渐深化而不断发展的。例如中国最早的药书——《神农本草经》把当时常用的365种药物按照毒性强弱和用药目的不同分成上、中、下三品：上品是延年益寿药，无毒，多服久服不伤人，中品是防病补虚药，有毒无毒，根据用量用法而定；下品是治病愈疾的药物，多有毒性，不可久服。这种分类方法简单而粗糙，其中有些药物的分类也不一定恰当。但当时，可能在避免因用错药物而中毒的问题上是起到了一定作用的。梁代陶弘景编《本草经集注》时，增药365种，分为玉石、草、木、果菜、米食、有名未用六类，每类又各分上、中、下三品，这是根据药物自然属性进行分类的开端，但仍较粗糙。直到明代李时珍编《本草纲目》一书，分类方法始有重大的发展。他采用了根据以前本草的分类方法略加修改，把药物分为水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、虫、鳞、介、禽、兽、人等十六部外，又把各部的药物按照其生态及性质分为六十类。例如草部分为山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、杂草等。而且他还往往把亲缘相近或相同科属的植物排列在一起，例如草部之四、隰草类中的53种药物中，有21种属于菊科，而且其中10种是连排在一起的。这种分类方法有助于药材原植物（或动物）的辨认与采收，对于澄清当时许多药材的混乱情况起了很大作用。现代记载中草药的教科书所采用的分类方法，根据其目的与重点而有不同，主要有下列四种：

1．按药物功能分类——如解毒药、清热药、理气药、活血化瘀药等。

2．按药用部分分类——如根类、叶类、花类、皮类等。

3．按有效成分分类——如含生物碱的中草药、含挥发油的中草药、含甙类的中草药等。

4．按自然属性和亲缘关系分类——先把中草药分为植物药、动物药和矿物药。动植物药材再根据其原植物原动物的亲缘关系来分类和排列次序。如麻黄科、木兰科、毛莨科等等。